Die Klinik Donaustauf ist ein hoch spezialisiertes Fachkrankenhaus mit einem sehr weiten diagnostischen und therapeutischen Angebot für Erkrankungen der Atmungsorgane und einer selbstständigen Akutabteilung für psychosomatisch erkrankte Patienten. Insgesamt sind dort etwa 260 Mitarbeiter beschäftigt. Die Fachabteilung für Pneumologie behandelt rund 3500 Patienten stationär (95 Betten) und weitere 1800 ambulant, während in der Psychosomatischen Medizin und Psychotherapie jährlich 250 Patienten (25 Betten) in Behandlung sind. Außerdem verfügt die Klinik über eine radiologische Fachabteilung, die bei der Diagnose und Behandlung von diversen Atemwegserkrankungen, sowie über ein Schlaflabor für die Diagnostik und Therapie schlafbezogener Atmungsstörungen.
Darüber hinaus kooperiert die Klinik Donaustauf seit 1996 als Lehr- und Forschungseinrichtung mit der Universität Regensburg und hat im Jahr 2004 ein Zentrum für Klinische Studien etabliert.